お住まいの場所など、さまざまな事情があると思うので実際のことは分かりかねるんですが、本同好会にはSFC所属の部員もいます。活動は基本的に日吉キャンパスで行っていますが、SFCだから入れない！なんてことはありません。
また、本同好会は三田キャンパスを使った活動は無いですし、1年生のうちはみんな三田キャンパス行かないので、そちらの心配は無用です！