退部する理由にもよりますが
内申点には影響が無いと思います。
他の部に移籍したいとか受験に専念したいなど
理由が有るなら問題ないと思います。
幽霊部員で今年2年なら
そのまま在籍して活動に参加しなくても問題無いと思いますが？